A Inquisição em Portugal sofreu influência directa da sua actuação na Espanha, onde, por insistência dos reis católicos espanhóis, Fernando e Isabel, o papa Sixtus IV apoiou a criação de uma Inquisição Espanhola Independente, em 1483, presidida por um Conselho e um inquisidor. Entre os mais famosos, está Tomás de Torquemada, um símbolo de crueldade, intolerância e fanatismo religioso, que ajudou a escrever um capítulo especial do Santo Ofício na Península Ibérica e em suas colónias, cujo alvo principal foram os judeus e, em seguida, os cristãos-novos, ou os judeus convertidos à força ao cristianismo.

Passados os séculos, a instituição e os seus excessos têm sido motivo de embaraço para muitos cristãos. Durante o Iluminismo, a Inquisição chegou a ser citada como um dos maiores exemplos de barbárie durante a Idade Média. Mas em sua época, despertava a simpatia de muito sectores, que a consideravam um instrumento político, económico e necessário para a defesa das crenças religiosas.

Pesquisas históricas indicam que a presença judaica em Portugal remonta ao século VI antes da era cristã, sendo anterior à formação do reino de Portugal. No século XII, sob o comando de Afonso Henriques, Portugal torna-se uma nação e surgem as primeiras comunidades judaicas em Lisboa, Oporto (actual Porto), Santarém e Beja.

Durante o reinado de Afonso Henriques, os judeus vivem momentos de tranquilidade e prosperidade, possuindo também um sistema comunitário autónomo no qual o grão-rabino era indicado pelo rei. Neste período, o grão-rabino Yahia Ben Yahia foi escolhido Ministro das Finanças, sendo também responsável pela colecta de impostos no reino. A tradição implantada por Afonso Henriques, de escolher judeus para a área financeira e de manter um bom relacionamento com as comunidades judaicas, é seguida pelos seus sucessores.

No entanto, para os judeus, a era de prosperidade e de participação na vida política e económica do reino termina no início do século XV, com o aparecimento de um anti-judaísmo local e com a influência cada vez maior da Inquisição espanhola. Por trás da deterioração da situação das comunidades judaicas estão as pressões da Igreja, o surgimento da burguesia e, por último, a aliança da Espanha com Portugal, fortalecida através do casamento de Manuel I com Isabel, filha dos reis católicos Fernando e Isabel. Como na Espanha, a prosperidade dos judeus despertou a inveja dos seus vizinhos, impondo-lhes, entre outras punições, maiores impostos.

Para a Igreja, a conversão dos judeus e o fim do judaísmo são as únicas maneiras de afirmar definitivamente a identidade messiânica de Jesus. Para a burguesia, o fim dos judeus significa a possibilidade de conquistar uma posição privilegiada na vida económica da nação. Para os reis católicos, representa a extensão da Inquisição espanhola em solo português, perseguindo aqueles que conseguiram fugir do decreto de 1492, que determinou a expulsão de todos os judeus da Espanha.

Durante o reinado do rei João, pela primeira vez os judeus são obrigados a usar em suas roupas símbolos que indicam sua crença religiosa. Em 1435, sob o comando de Afonso V, o Rabino Isaac Abravanel, judeu, médico, talmudista e filósofo desempenha as funções de conselheiro e tesoureiro do rei. Ao mesmo tempo, é criada uma lei que proíbe os judeus de terem empregados cristãos.

A 30 de Maio de 1492 é assinado o decreto que expulsa os judeus da Espanha, levando cerca de 80 mil a buscarem abrigo em Portugal, apesar das medidas restritivas que vêm sendo adoptadas no país. Mesmo com a perseguição, Portugal ainda se apresenta como uma alternativa de salvação para os judeus.

Para acolhê-los, o rei João II exige o pagamento de uma taxa que lhes permite ficar no país apenas oito meses, prometendo-lhes que, ao final desse período, poderão partir em navios cedidos pelo governo. Além de não cumprir a promessa, são vendidos como escravos para a nobreza portuguesa. Neste mesmo período, cerca de 700 crianças judias foram separadas de suas famílias e enviadas para colonizar a ilha africana de St. Thomas, onde a maioria morreu.

O próximo passo dessa tendência de perseguição é dado a 5 de Dezembro de 1496, quando Manuel I, sucessor de João II, e às vésperas do casamento com Isabel da Espanha, assina o decreto que prevê, em dez meses, a expulsão dos judeus de Portugal. A única alternativa para evitá-la seria a conversão ao cristianismo.

A maioria dos judeus, que fugira da Espanha justamente para evitar a conversão, decide então, sair de Portugal. O rei, no entanto, diante da possibilidade de evasão do capital financeiro do país, juntamente com a população judaica, publica um novo decreto, que proíbe a partida de Portugal e força os judeus a se converterem.

Segundo o relato de Cecil Roth, em seu livro "Uma História dos Marranos", crianças foram arrancadas do colo de seus pais e entregues a famílias cristãs, para viverem em locais muito distantes de seus familiares. Para alguns judeus era preferível a morte do que o baptismo dos filhos.

Diante desses medidas, não restaram muitas opções aos judeus portugueses. Enquanto uma parcela das comunidades judaicas locais aceita seu destino e assume totalmente sua nova religião, outra segue os novos preceitos apenas aparentemente, mantendo secretamente seus rituais e tradições. São justamente os descendentes dessas gerações que hoje, 500 anos após o decreto de expulsão e a conversão forçada, começam gradativamente a buscar e a assumir sua herança judaica.